Fanefjord Skov vokser på en svagt bakket flade med mange vandfyldte lavninger. I skovbunden ses mange steder afvandingskanaler, der vidner om jordforholdenes ellers våde karakter. Denne rørføring af vandårer, som danner skovens bund, fortsætter i rørlagte fald over markerne ned mod Østersøen.
Skoven er en del af det skovsystem, den bræmme af bøgeskove, som vokser helt ud til kysten på Sydmøn omfattende Grønved Skov, Strandskov, Fanefjord Skov, Luselejet og Slotshaven.
Fanefjord Skov bliver drevet ved plukhugst og selvforyngelse, hvilket sammen med kystnærheden bidrager til skovens specielle, lysåbne udseende.
Ud mod havet slutter skoven brat med en lerklint, som til stadighed eroderes af havet - skoven bliver mindre. Ind mod land er skoven afgrænset af en række stendiger, hvis lige linier indikerer, at skoven engang har været større.
Sogneskellet til den del af Grønved Skov, som kaldes Strandskov, er ikke markeret: her adskiller et vandløb de to skovstykker.