Fanefjord Skov vokser på et svagt bølget morænelandskab. Det småbakkede landskab er et dødislandskab, dannet under tilbagesmeltning af en gletscher i sidste istid. Da isen smeltede bort, efterlod den store klumper af is - kaldet dødis. Mellem disse dødisklumper blev der afsat sand og ler. Resultatet er, at aftrykkene efter dødisklumperne i dag ses som tilfældige huller i landskabet.