Elmelunde ligger højt på den sydlige kant af et strøg af randmoræner. Randmorænerne blev skubbet op foran en gletscher, som gled hen over området fra nordøst i sidste istid. Siden blev området overskredet af yngre gletschere, men på trods af, at disse gletschere havde dramatisk landskabsdannende effekt på Møns Klint, så ændrede de ikke meget på landskabets form her ved Elmelunde. Her er det stadig nordøst-isens spor, der kan aflæses i landskabets langstrakte bakkerygge, som buer op mod nordøst.
Den naturskabte, høje beliggenhed betyder, at kirken kan ses over store dele af Møn og tidligere har været benyttet som sømærke.